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生物百科

  • 微生物组学的过去、现在和未来

    微生物组学的过去、现在和未来

    导读在过去十年中,核酸测序和质谱技术的进步使得能够更快速,更有信息地进行宏基因组,转录组,蛋白质组学和代谢组学的分析。在这里,我们回顾了多环境和人类微生物多组学分析的关键,讨论了为了解决当前缺陷未来的一些潜在的发展方向。前言微生物在大约35...

  • 蛋白相对定量技术介绍--iTRAQ及TMT

    蛋白相对定量技术介绍--iTRAQ及TMT

    蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。运用蛋白质组学技术可以大规模研究蛋白质的特征,包括蛋白质的表达水平,翻译后的修饰,蛋白与蛋白相互作用等,由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生,细胞代谢等过程...

  • 蛋白相对定量技术介绍

    蛋白相对定量技术介绍

    在蛋白质组学研究领域,基于液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)技术可在生物样本中检测和相对定量上千个蛋白,目前已被广泛应用,并且发展出了标记定量(iTRAQ/TMT、SILAC)和非标记定量(Label free)两种主流方法,这些方法都...

  • 微生物基因组研究

    微生物基因组研究

    微生物往往被视为“无处不在,无所不为”的生物,制作重组基因的载体和表达重组基因的受体也需要微生物。20世纪90年代后期开始了微生物基因组的研究。这项研究是从对微生物完整的全基因核苷酸测序入手,在分析基因结构的基础上,认识微生物的完整生物学功...

  • 陆地生态系统中的微生物入侵

    陆地生态系统中的微生物入侵

    导读人类旅行和全球贸易极大地增加了新区域内入侵性微生物的传播。实验和观察性研究开始揭示微生物入侵陆地生态系统的过程,它们的生态影响以及其对生态系统功能的影响。作者列举微生物入侵陆地的实例,包括细菌、真菌、卵菌、以及其他原生生物和病毒,并讨论...

  • CRISPR的那些事

    CRISPR的那些事

    CRISPR:规律成簇的短回文重复,是大多细菌的一种免疫防御机制CRISPR/Cas:强大的基因编辑工具,可识别外源DNA,将其剪断。沉默外源基因的表达介绍目录1.概念2.结构3.作用机制(1).Adaptation1).外源 DNA 采集...

  • 【收藏|技术贴】CRISPR简述

    【收藏|技术贴】CRISPR简述

    历史发展目前已有的基因编辑技术(1)锌指核酸内切酶(zinc finger endonuclease,ZFN):是第一代人工核酸内切酶锌指是一类能够结合DNA的蛋白质,人类细胞的转录因子中大约有一半含有锌指结构,ZFN 是将锌指蛋白与核酸内...

  • 「小测试」丙型肝炎病毒的检测与基因分型知多少?

    医脉通导读丙型肝炎病毒(HCV)是引起丙型肝炎的病原体。HCV感染是一个世界性的健康问题,其发病率逐年增高,且致病性强,较易转为墁性,甚至发展成肝硬化和肝细胞癌。进一步深入HCV生物学特性,尤其是基因分型的研究,对于丙型肝炎严重程度的评估、...

  • CDS、cDNA、ORF等等傻傻分不清

    CDS、cDNA、ORF等等傻傻分不清

    总有人分不清CDS、cDNA、ORF、外显子、内含子等等的概念和关系,今天小编就梳理一下,希望对您的科研有所帮助!真核生物:下面先从真核生物开始,小编在网上找了个图片,希望原作者不要见怪。大多数真核基因都是由蛋白质编码序列和非蛋白质编码序列...

  • 盘点 | ​SARS-CoV-2突变毒株知多少?

    盘点 | ​SARS-CoV-2突变毒株知多少?

    引言截止2021年8月18日上午9时,全球SARS-CoV-2累计确诊208,485,060人次,并出现了新一轮爆发的趋势。随着病毒大量的传播,也出现了多种突变毒株,那么迄今为止出现了哪些中SARS-CoV-2突变株呢?这些突变株各有什么特...

  • 疫苗的发明与免疫学的起源

    疫苗的发明与免疫学的起源

    免疫学研究源于人类希望抵抗传染病,也与人类对输血的实际需求有关。经过 迷信、迷惑、试错等多个阶段,步履艰难、甚至犯过错误,坚持探索的严肃研究者 逐渐从现象到本质,到 1898 年确定:抵抗传染病和输血涉及相同的核心问题--针对 非我的监控和...

  • 从菌根共生到植物和土壤健康

    从菌根共生到植物和土壤健康

    丛枝菌根真菌(AMF)是植物和土壤健康的重要贡献者(Science | 重磅!剑桥大学Giles Oldroyd课题组阐述植物通过共生微生物促进养分吸收!Science | 植物与真菌的海誓山盟!研究揭示脂质交换驱动植物陆地化过程中的共生进...

    丛枝菌根真菌
  • 关于跨膜蛋白的分析

    关于跨膜蛋白的分析

    我们知道细胞内外的能量转换、信号传递、营养物质和离子的运输、细胞内吞和外排都离不开膜蛋白。那么蛋白序列含有跨膜区那么它可能作为膜受体起作用,也可能是定位膜的锚定蛋白或离子通道蛋白等,因此含有跨膜的蛋白一般和细胞的功能状态密切相关。一,跨膜蛋...

  • The ISME Journal:为什么微生物相对定量不能代替绝对定量

    The ISME Journal:为什么微生物相对定量不能代替绝对定量

    英文题目: Absolute quantification of microbial taxon abundances中文题目:微生物类群丰度的绝对定量期刊名:The ISME Journal影响因子: 9.520发表时间:2017年研究背...

  • Microbial Variant Calling

    Microbial Variant Calling

    By: Anna Syme Simon Gladman Torsten SeemannOverview QuestionsHow do we detect differences between a set of reads from a ...

  • vcf格式文件处理大全

    vcf格式文件处理大全

    前面介绍过fasq,fastq,bam三种生物数据分析中常用的格式。fasta一般作为比对的参考序列,fastq为测序数据,将fastq比对到fasta则生成bam文件,对bam进行排序建立索引,就可以直接输出为vcf格式,这

  • SNP注释神器VEP如何C位出道?你的全外/人重选对软件了吗?

    SNP注释神器VEP如何C位出道?你的全外/人重选对软件了吗?

    做人的全基因组重测序或者全外显子测序,除了比对软件之外,注释软件也十分重要,我们熟知的有包括SnpEff和Annovar(哥伦比亚大学华人学者王凯教授开发)在内的常用SNP和Indel注释软件。尽管上面提到的这两款常用的突变注释软件已经有许...

  • 如何看懂vcf格式文件

    如何看懂vcf格式文件

    1. VCF格式说明VCF格式:Variant Call Format,用于记录variants (SNP/INDEL)的文件格式,关于其说明,详见:http://gatkforums.broadinstitute.org/discussi...

  • vcf文件格式介绍

    vcf文件格式介绍

    vcf格式,是一种纯文本文件,主要用于存储样本位点的变异信息。该文件主要包括3个部分:1,以##号开头的注释信息部分;2,表头信息;3,变异信息主体部分。下面,将对这三部分进行介绍。1 注释信息部分 下图展示的是vcf格

  • vcf格式文件基础知识与编辑操作详解

    1. VCF文件基础知识介绍:VCF文件介绍:做过DNA重测序,群体遗传进化,BSA,GWAS等项目的人都会遇到VCF文件,这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异(主要包括SNP和InDel)信息。后续几乎所有的分析内容都是基于此文件,...