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  • eggnog-mapper功能注释教程

    eggnog-mapper功能注释教程

    eggNOG-Mapper介绍通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因,常见的方法就是BLAST+BLAST2GO, 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠,毕竟你有可能找到的的是旁系...

    数据库 功能注释
  • Pfam在线注释以及本地化全攻略

    Pfam在线注释以及本地化全攻略

    Pfam(http://pfam.xfam.org/)是一个被广泛使用的蛋白家族结构域数据库,其依赖于多序列比对和隐马尔可夫模型(HMMs)鉴定一个或多个蛋白质功能结构域。结构域的不同组合方式产生的蛋白质在自然界中各种不同。因此蛋白结构域的...

    数据库
  • 微生物扩增子数据库整理

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    数据库概述 几个公共数据库有RDP, SILVA, GreenGene, UNITE的基本信息统计,如官网链接、更新周期、数据量和主要用途。RDPRDP数据库全称“RibosomalDatabase Project”,是由密歇根州立大...

    扩增子 16S 数据库
  • qiime2的物种分类库

    qiime2的物种分类库

    有Greengenes(16S rRNA)和Silva(16S/18S rRNA)一、直接下载如果引物是 515F/806R,可以直接下载相应的库,https://docs.qiime2.org/2020.6/data-resources/...

    16S 多样性 分析流程 生信软件 数据库 qiime2
  • 23个circRNA数据库网址

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    circRNA很红,这个大家都知道。尤其是它身上那份高大上的神秘感,引得一众科学家瞬间产生扑倒circRNA的好奇感,并期望能看到该领域中更多不一样的风景。但眼下circRNA研究的一个巨大挑战就是,有关circRNA的可参考信息不多,怎么...

    数据库 分析技术
  • string数据库使用和实践第一部分string数据库介绍

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    背景为什么要寻找蛋白质互做关系?因为只有正确地发现和注释细胞中的所有功能性的相互作用关系,才能对细胞的功能进行系统层面的学习和理解。大家在收集和展现蛋白质相互作用的信息上,一直在努力地跟上相互作用关系探索的步伐近年来,无论是在实验观测和计算...

    数据库