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  • R语言直方图绘制函数——hist

    R语言直方图绘制函数——hist

    直方图介绍1、直方图又称柱状图,或质量分布图,是一种统计报告图,由一系列高度不等的纵条纹或线段表示数据的分布情况。直方图是用来展示连续数据分布的常用工具,用来估计数据的概率分布。2、在R中,hist()函数绘制数据的直方图,其实用格式是:h...

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  • R语言绘制分组柱状图示例

    R语言绘制分组柱状图示例

    鉴于ggplot2更易于操作,所以本篇主要阐述ggplot2的方法。已知ggplot2柱状图三种样式:geom_col(position = ‘stack‘)、geom_col(position = ‘fill‘

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  • barplot柱状图+散点图+误差棒

    barplot柱状图+散点图+误差棒

    今日绘图代码如下rm(list=ls()) #清除环境op=par(mar=c(5,5,1,1))#设置图离边缘的距离#做一个画柱状图的矩阵data <- c(138302457,33047658) #需要用到的所有数据,用excel...

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  • R语言绘图-柱状图barplot

    R语言绘图-柱状图barplot

    R 语言柱状图绘制,采用的方法为barplot,可以帮助我们绘制漂亮的柱状图,其详细的绘图参数注解如下:barplot(VADeaths, col = NULL, #col: 设置条形底纹或者填充颜色。 bor...

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  • 富集分析的弦图

    富集分析的弦图

    0.需求解读左边是几个GO term,右边是基因。每个term一个颜色,基因的颜色按照logFC渐变。基因与term之间有连线,就是他们之间有从属关系。1.数据和R包准备1library(clusterProfiler)2library(o...

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  • TCGA数据的一致性聚类和可视化

    TCGA数据的一致性聚类和可视化

    1.输入数据目前从网上找到的代码大多是帮助文档的示例数据ALL,是个log过后的表达芯片数据,作者取了mad最大的5000个基因,并且把每个基因的表达量减去了中位数,使数据分布范围在0上下。芯片数据,就照这个样子处理。那RNA-seq数据呢...

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  • TCGA数据的NMF聚类和可视化

    TCGA数据的NMF聚类和可视化

    0.NMFNMF是非负矩阵分解,也是常用的划分亚组(亚型)的聚类方法之一咯。1.输入数据这里使用的还是KIRC的fpkm数据和临床信息,下载自xena。rm(list=ls())dat = read.table('TCGA-KIRC...

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  • 使用 ezcox 进行批量 Cox 模型处理

    使用 ezcox 进行批量 Cox 模型处理

    Cox 模型是我们做生存分析最常用的模型,在实际的分析工作中,我们常常想逐一查看多个变量对生存时间的影响。注意,这与多变量分析不同,后者是通常将多个变量纳入模型查看它们的影响。基于我自己的分析需求,几个月前我编写了一个批处理的函数,最近我将...

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