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密码子图书馆

  • “系统进化树”之必备技能get√

    “系统进化树”之必备技能get√

    摘要提起群体进化分析,大家一定会想到“图形三剑客”:系统进化树、PCA和Structure堆叠图。相较其他二者,系统进化树常常给人一种简约又实用的感觉,几乎在每篇群体进化分析的高分文章中都会出现它的身影,今天小编就为大家揭开进化树的神秘面纱...

    进化树
  • 进化树的基本知识

    进化树的基本知识

    系统树(phylogenetic tree)是表达类或序列间系统发育关系的一种树状图。 系统(发育)树1有根树和无根树:以外类群作为树根的系统树称为有根树,没有外类群为树根的称为无根树。有根树无根树2标度树枝和非标度树枝:树枝的长度代表了性...

    进化树
  • 用Dendroscope从有根树构建有根网络

    用Dendroscope从有根树构建有根网络

    Dendroscope是一款进化树显示分析软件,交互式大型系统发生树查看工具,可视化和直观的数据分析软件。今天分享的是用Dendroscope从有根树构建有根网络: 操作步骤将nj法、mp法、ml法、bi法这四种方法建的树合并为一个文件打开...

    进化树
  • 使用PAML计算选择压力

    使用PAML计算选择压力

    PAML是一个用最大似然法来对DNA和蛋白质序列进行系统发育分析的软件包,由伦敦大学的杨子恒教授开发并更新。PAML的功能很多,但目前主要用于计算密码子同义替换和非同义替换的比率omega值,从而预测氨基酸序列在进化过程中所受的选择压力。P...

    进化树 选择压力
  • 用Evolview美化系统发育树,简单又高级

    用Evolview美化系统发育树,简单又高级

    今天分享的软件是Evolview——一款强大的进化树在线编辑软件。它可以制作出高颜值的进化树,并且提供17种示例树,以及5个具体项目示例。它还可以导出多种格式的文件,包括pdf、svg、tiff、png,而且绘制完成的进化树可永久性的保存在...

    进化树
  • 简便好用的系统树编辑软件——FigTree

    简便好用的系统树编辑软件——FigTree

    在进行系统进化分析时,生成树文件后,往往需要软件进一步对树文件进行展示美化,编辑树文件的软件以及在线网站很多,这里介绍一款简便好用的进化树编辑软件——FigTree。FigTree是一款系统树文件的图形查看器,可以打开NEXUS 和NEWI...

    FigTree 进化树
  • FigTree--进化树编辑工具使用说明

    FigTree--进化树编辑工具使用说明

    FigTree是我非常喜欢一款进化树编辑美化软件。下载地址:http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ 软件提供了Mac版本和win版本,以及任何版本下都可使用的java执行文件。打开可执行文件,界...

    FigTree 进化树
  • FigTree进化树的简单美化

    FigTree进化树的简单美化

    下载地址:http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/进入:选择适合自己电脑的版本进行下载。打开软件:读入树文件点击file,选择打开,找到newick格式(较为常用)的树文件:如果要对树的末端字体进...

    进化树 FigTree
  • MEGA软件下载安装&序列处理&进化树绘制&Newick格式介绍

    MEGA软件下载安装&序列处理&进化树绘制&Newick格式介绍

    MEGA是一款非常好用且功能强大的系统进化分析及分子鉴定软件,是免费分子进化遗传分析软件。MEGA软件官网:https://www.megasoftware.net/一.下载安装选择MEGA7 点击download,进行软件下载:二.序列处...

    进化树 MEGA
  • FigTree构建进化树(柱状)教程

    FigTree构建进化树(柱状)教程

    系统进化树(phylogenetic tree)是表明被认为具有共同祖先的各物种相互间演化关系的树,又被称为系统发育树、种系发生树等。用来表示系统发生研究的结果,用于描述物种之间的进化关系。Fig Tree是常用的系统发育树做图软件,该软件...

    进化树