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  • 微生物组大数据挖掘神器QIIME 2

    微生物组大数据挖掘神器QIIME 2

    QIIME是微生物组领域使用最为广泛的分析流程,自2010年发表于Nature Methods之后引用次数已突破21000次。不同于QIIME,QIIME 2是基于Python 3与插件架构重新开发,为满足大数据量、可重复分析的要求而诞生的...

    qiime2 扩增子 生信软件
  • eggnog-mapper功能注释教程

    eggnog-mapper功能注释教程

    eggNOG-Mapper介绍通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因,常见的方法就是BLAST+BLAST2GO, 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠,毕竟你有可能找到的的是旁系...

    数据库 功能注释
  • 常用比对软件集合

    常用比对软件集合

    Bwa适用范围:二代测序数据快速比对到genome上。bwa作为序列比对界的模式软件,短小精悍,适用于多种场合,很有必要搞懂他内部的比对算法,最好也搞懂它是如何实现的。建立索引:bwa index in.fasta索引建立好之后会生成五个文...

    生信软件
  • 批量下载fasta文件和gbk文件

    批量下载fasta文件和gbk文件

    GenBank数据库是在科研工作中经常用到的数据库之一,它由美国国家生物技术信息中心(the National Center for Biotechnology Information,NCBI)建立和维护。该数据库包含了所有已知的核酸序列...

    python Biopython 脚本分享
  • 使用 ezcox 进行批量 Cox 模型处理

    使用 ezcox 进行批量 Cox 模型处理

    Cox 模型是我们做生存分析最常用的模型,在实际的分析工作中,我们常常想逐一查看多个变量对生存时间的影响。注意,这与多变量分析不同,后者是通常将多个变量纳入模型查看它们的影响。基于我自己的分析需求,几个月前我编写了一个批处理的函数,最近我将...

    R语言 R语言绘图
  • 16s分析之差异展示(热图)

    16s分析之差异展示(热图)

    差异做出来了如何展示,也是一个值得思考的问题,所以今天我们就尝试一下热图,看看效果:#首先安装这个包#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#biocLite("...

    R语言 微生物多样性 OTU
  • 高通量测序数据差异分析(DESeq2)

    高通量测序数据差异分析(DESeq2)

    今天我们来学习R语言DESeq2做差异分析,第一次我推送这个差异分析到现在已经过去一年多了,我重新排版,更加了一些感悟,重新推送给大家。基于高通量测序数据的差异分析,为了矫正测序平台,批次,深度等差异,所以这里做DEsep2差异分析。这个包...

    R语言 微生物多样性 环境微生物
  • 16s分析之Qiime序列拼接

    16s分析之Qiime序列拼接

    摘要:许多人分享过 Qiime 序列拼接命令:join_paired_ends.py,但基于两种方法fastq-join和SeqPrep方法参数设置不同,测序公司结果文件往往是单个样本正反序列两个文件,使用multiple_join_pa...

    微生物多样性 qiime1
  • 一文搞定细菌基因组De Novo测序分析

    一文搞定细菌基因组De Novo测序分析

    以一个细菌的测序数据为例子,介绍细菌基因组测序分析流程。本次实验中的细菌基因组大小为3.4M,通过illumina PE150bp测序,获得测序数据量为~800M,通过拼接得到该样本的草图基因组序列,并进行基因注释等分析。内容1 概述2 ...

    细菌基因组
  • 如何绘制这般漂亮的KEGG通路图?

    如何绘制这般漂亮的KEGG通路图?

    iPATH 3 (Interactive Pathways Explorer)是一个用于pathway maps分析、作图的交互式在线工具。简而言之,iPATH的主要功能是查找通路和绘制通路,除了可以自由调整图形元素的大小、粗细、颜色等,我...

    iPATH
  • 【工具贴】iPath3 通路展示

    【工具贴】iPath3 通路展示

    iPathiPath(interactive Pathways Explorer)是一款可视化的通路图在线分析工具。可以使用KEGG KOs、COGs、EC号等来改变代谢通路的颜色、宽度和不透明度。iPath中的所有映射都可以很容易地转换为...

  • 交互式Pathway分析可视化工具Ipath3介绍

    交互式Pathway分析可视化工具Ipath3介绍

    ipath3是一款交互式 Pathway 分析可视化工具,它总结了生物系统中的各种代谢通路,节点表示各种生化分子,线表示生化反应。前面已经发布了两个版本,现在已经更新到第三个版本,提供了更多方便的工具,以及更全面的通路图。Ipath3现有4...

  • 使用QUAST评估基因组组装质量

    使用QUAST评估基因组组装质量

    QUAST在评估基因组组装质量中的使用简介在得到组装好的基因组序列之后,首先要做的就是使用多种方法来对组装结果的质量进行评估。本篇介绍一款可用于基因组组装质量评估的软件,QUAST(Quality Assessment Tool for G...

  • 综合的基因岛在线预测/注释网站IslandViewer

    综合的基因岛在线预测/注释网站IslandViewer

    基因岛在线预测/注释网站IslandViewer基因岛(genomic island,基因组岛)是有横向起源迹象的一部分基因组。一个基因岛可以与多种生物功能相关,能与共生或病原机理相关,与生物体的适应性相关等。IslandViewer综合了...

  • CRISPR相关工具网站集锦

    CRISPR相关工具网站集锦

    CRISPR系统为代表的基因组编辑工具发展迅猛,被广泛应用于各种细胞、动物以及植物的定点编辑。新Cas同源物、Cas9抑制剂(Acr)的开发等成果层出不穷。此外,近年来,基于CRISPR-Cas9系统开发的单碱基编辑系统(Base edit...

    CRISPR
  • 保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南(图文详解)

    保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南(图文详解)

    软件下载IGV 官网下载:http://software.broadinstitute.org/software/igv/download这里以下载预装 Java 的 Windows 版本 IGV 为例。由于大部分数据是通过服务器跑出的结果...

  • 基因组K-mer分析软件JELLYFISH

    基因组K-mer分析软件JELLYFISH

    基因组K-mer分析软件JELLYFISH的安装及使用一般来讲,对于较为复杂的基因组的组装,通常会先做个简单的低深度二代测序,并通过k-mer分析,评估基因组杂合度、重复序列比例,并初步预估基因组大小,以及测序深度等,为后续基因组的正式组装...

    生信软件 生信分析 基因组分析
  • 使用snpflip校正基因组正负链

    下面直接讲一下怎么使用。这个工具安装和使用都非常简单,老少皆懂。第一步:下载、安装snpflipwget https://files.pythonhosted.org/packages/5d/58/c4e3427cd307c29c92631...

  • 使用MUMmer分析基因组共线性

    使用MUMmer分析基因组共线性

    使用MUMmer分析基因组共线性2018年下半旬-2019年中旬,接触过将近一年的基因组分析方面的内容。虽说现在早就不碰基因组了,但那会儿学到了很多实用的软件。本篇记录一个用于实现基因组共线性分析的软件,MUMmer(http://mumm...

  • 使用Mauve分析基因组共线性

    使用Mauve分析基因组共线性

    使用Mauve分析基因组共线性本篇记录一个用于实现基因组共线性分析的软件,Mauve。Mauve可用于构建多个小型基因组的比对,分析基因组之间的结构差异以及一系列进化事件,为比较基因组学的研究和全基因组进化动力学的研究提供支持。并且Mauv...