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测序与质谱

  • Nat Biotechnol发文:多款测序平台性能评估成果发布,华大智造测序仪可提供高质量WGS

    Nat Biotechnol发文:多款测序平台性能评估成果发布,华大智造测序仪可提供高质量WGS

    导读高通量DNA测序技术(DNA-seq)是临床和基础生物医学研究的重要手段之一。作为一种常规的技术方法,DNA-seq在多个领域均有广泛应用,例如个体基因分型和变异鉴定,种群和物种水平的基因组特征比较以及基于宏基因组的种群多样性等。随着测...

    测序平台
  • NEJM重磅新文详解:宏基因组测序助力脑膜炎和脑炎临床诊断

    NEJM重磅新文详解:宏基因组测序助力脑膜炎和脑炎临床诊断

    导读现有的诊断感染一般依赖于医生对患者病史、临床表现和影像学结果等鉴别诊断,然后进行连续的实验室检查。但由于感染性和非感染性的临床表现重叠,且对罕见病原体的诊断实验缺乏,以及如腰椎穿刺或脑活检等传统方法需要有侵入性操作使得中枢神经系统(CN...

  • 史上最详细版16S测序结果解读,动动手指,赶快收藏吧!

    史上最详细版16S测序结果解读,动动手指,赶快收藏吧!

    想要了解一门测序技术,首先要掌握测序原理,这就如同建造房子打好根基一样。微生物16S扩增子测序,是通过对16S rRNA基因上的可变区域进行扩增,利用变异区域的差异来对不同菌属的细菌进行分类鉴定。何为16S rRNA?它是细菌核糖体RNA上...

  • 绘制GC含量和测序深度(GC-Depth)分布图评估基因组质量

    绘制GC含量和测序深度(GC-Depth)分布图评估基因组质量

    在得到组装好的基因组序列之后,需要对基因组质量进行评估。将测序reads数据比对至组装结果中,通过统计基因组测序深度,并结合碱基含量组成等一并分析,是一种常见的评估方法。对于组装后的基因组序列,将组装基因组结果中的contigs/scaff...

  • 基因组survey的基本知识

    基因组survey的基本知识

    Q1:什么是基因组survey(调研图)A1基因组survey就是对基因组的大小、杂合度、重复序列比例、GC含量和测序样本有无外源污染等特征进行基本的评估。对于没有进行全基因组测序的物种,在进行一定深度基因组测序之前,对物种基因组的基本信息...

  • 禾本科作物基因组的kmer分布

    禾本科作物基因组的kmer分布

    做小麦的都知道麦类基因组庞大而且重复序列比例又很高,这给基因组分析造成了很大的困难,衡量基因组重复序列特征的一个方法就是统计kmer的分布情况。 这里简单的介绍下什么是kmer,所谓mer,大家可以理解成撕纸片,就是把基因组的...

  • 关于survey,您不能不知道的事

    关于survey,您不能不知道的事

    师姐,你看起来咋这么愁眉苦脸?小菲师姐小菲,老师让我做的基因组预算,关于的基因组大小都不知道,我这巧妇也难为无米之炊。师姐,你可以做个survey,可以知道基因组大小,GC含量和杂合度,有了这些信息,预算不是小case么?小菲师姐小菲,那这...

  • 深度丨一文get复杂基因组的判定及测序组装(上)

    深度丨一文get复杂基因组的判定及测序组装(上)

    从人类基因组计划开始,到今日将近30年的时间,越来越多的物种基因组被测序发表,这一方面是由于测序技术的快速发展,另一方面也得益于生物信息学算法的不断更新。但在面对复杂基因组时,目前还缺少较为通用的测序策略和组装算法。基于上述背景,本文着重介...

  • 原核生物基因组注释工具

    原核生物基因组注释工具

    基因组注释 Prokka是一个快速注释原核生物(细菌、古细菌、病毒等)基因组的软件工具。它产生GFF3、GBK和SQN文件,能够在Sequin中编辑并最终上传到Genbank/DDJB/ENA数据库。不能注释真核生物。 使用的注...

  • 微生物基因组前噬菌体预测

    微生物基因组前噬菌体预测

    温和噬菌体感染宿主菌后,整合到宿主基因组上温和噬菌体的核酸,即被称之为前噬菌体。前噬菌体被整合到宿主基因组后,随着宿主基因组共同进化,并增加了宿主基因的多样性,前噬菌体现

  • ISME:氮沉降对全球土壤微生物的负效应

    ISME:氮沉降对全球土壤微生物的负效应

    导读土壤微生物参与多种地球生物化学循环。大气氮沉降驱动着全球环境变化;然而,氮沉降对土壤微生物的影响是否具有生态系统上的依赖关系,目前仍存在争议。为了探究氮沉降对微生物呼吸,群落组成等方面的影响程度,笔者利用151个已报到研究中的结果进行了...

  • Nature review microbiology:多年冻土的微生物生态学

    Nature review microbiology:多年冻土的微生物生态学

    导读冻土是地球上陆地冰层的主要组成部分,同样也是嗜冷微生物独特的生态位。尽管不同的冻土类型,不同地点的微生物群落组成具有差异,但冻土中具有较高的微生物多样性。近年来由于气候变化,导致冻土融化,在一定程度上促进了冻土中的微生物活动,进而增加了...

  • Nature:地球表层土壤微生物群落的结构和功能

    Nature:地球表层土壤微生物群落的结构和功能

    导读土壤拥有地球上最多样化的微生物群落,由此一直备受学者关注。作者研究发现温带地区的细菌多样性最强,微生物组成会受到环境变量的严重影响。表土和海洋生境中细菌与真菌的拮抗作用彰显了生物相互作用在塑造微生物群落中的重要地位。同时,竞争和环境因素...

    土壤微生物
  • 研究微生物组,没思路怎么办?

    研究微生物组,没思路怎么办?

    看着别人的微生物组研究不断取得颠覆认知的新成果,我的研究也与微生物相关,是不是也能从微生物组角度做些工作?可是我之前对微生物组的背景知识、研究思路和方法没有系统了解过,上手会不会很难?2020-2-27 New England Journa...

  • NAR:MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具

    NAR:MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具

    微生物组分析师:统计、可视和元分析微生物组数据的网页工具MicrobiomeAnalyst — comprehensive statistical, visual and meta-analysis of microbiome data第一...

  • Microbiome:芝麻菜中肠杆菌科主导核心微生物组并贡献抗生素抗性组(简单套路16S+meta+培养组发高分文章)

    Microbiome:芝麻菜中肠杆菌科主导核心微生物组并贡献抗生素抗性组(简单套路16S+meta+培养组发高分文章)

    芝麻菜中肠杆菌科主导核心微生物组并贡献抗生素抗性组 Enterobacteriaceae dominate the core microbiome and contribute to the resistome of arugula (Er...

  • 转录组学联合代谢组学,探讨不同蓝光强度对茶树类黄酮和脂质代谢的影响

    转录组学联合代谢组学,探讨不同蓝光强度对茶树类黄酮和脂质代谢的影响

    尽管蓝光量(通量率)对植物生命很重要,但很少有研究集中在不同的蓝光强度对植物次生代谢调节(包括茶树)的影响上。对此,福建农林大学园艺学院叶乃兴教授团队创新性地对茶树在三种不同强度蓝光照射下进行了转录组学和代谢组学研究,探究了不同强度蓝光对茶...

  • Microbiome:鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)

    Microbiome:鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)

    中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建近日,湖南农业大学曾建国教授研究团队在鸡肠道参考宏基因集构建和抗生素与植物来源的天然促生长剂的促生长机制方面的研究取得了突破性进展。其研究成果以“The chicken gut metagenome ...

    肠道菌群
  • 外泌体丨Exosome miRNA测序研究

    外泌体丨Exosome miRNA测序研究

    外泌体简介外泌体,exosome,是细胞分泌的大小为30-100nm的微小囊泡,具有脂质双层膜结构,广泛存在于所有体液中,包括血液、唾液、尿液和母乳等。研究发现,外泌体包含多种活性分子,如蛋白质、脂肪和核酸(mRN A、miRNA及其它非编...

    外泌体
  • Microbiome:从出生到市场的猪肠道微生物组的纵向研究揭示了与阶段和生长性能相关的细菌

    Microbiome:从出生到市场的猪肠道微生物组的纵向研究揭示了与阶段和生长性能相关的细菌

    导读猪作为重要的蛋白质来源以及人类疾病的生物医学模型,其肠道微生物组已引起广大研究者的关注。高通量测序的出现极大的促进了人们对肠道微生物在人类健康和疾病中的作用的理解,先前的研究中已经表征了猪肠道微生物组与关键生长阶段动物健康和生产之间的相...