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科研笔记

  • Adonis和ANOSIM区别

    Adonis和ANOSIM区别

    在目前的微生态研究中,有一类被广泛应用的分析,即样本比较分析,它主要是基于一些距离算法来比较不同条件下样本或样本组间物种组成的相似性和差异性,比如非常受大家追捧的的PCA、PCoA、NMDS和RDA等,其实除了这些“大牌明星”外,还有一类分...

    扩增子 16S
  • 转录因子与靶基因预测

    转录因子与靶基因预测

    写在前面:认识转录因子及其结合位点1、认识转录因子概念 转录因子(Transcription factor, TF):是一类序列特异性DNA结合蛋白,能够结合在靶基因上游的转录因子结合位点序列(Transcription factor bi...

  • 免费生物信息学在线分析软件汇总(下篇)

    免费生物信息学在线分析软件汇总(下篇)

    继上期软文病毒基因组分析的免费生信工具(上篇)分享,这一期小编为你推荐另一波免费的生物信息学分析软件。String 蛋白互作网络String是一个已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种...

  • 病毒基因组分析的免费生信工具

    病毒基因组分析的免费生信工具

    继上期软文(生物信息学常用分析软件)分享,这一期小编为你推荐一些可用于病毒基因组分析的生信工具。下面所介绍的分析工具都可在相应网站上免费获取使用哟!大家还可浏览欧洲病毒生物信息中心EVBC官网 获得更多信息:http://evbc.uni-...

  • 论文写作最重要的技巧,就是不断地写

    论文写作最重要的技巧,就是不断地写

    社会科学论文选题有技巧,论文写作有方法来源:公共管理研究;本文选摘自《通识写作:怎样进行学术表达》,葛剑雄主编,上海人民出版社2020年。作者:熊易寒,复旦大学国际关系与公共事务学院教授、副院长,入选国家万人计划青年拔尖人才。主要研究兴趣为...

  • 英文SCI翻译几点注意事项

    虽说写作英文SCI的最好方法便是一开始就用英文写作,但是这对于每个国内的科研工作者却十分的困难。由于英文写作的困难,所以国内的科研工作者都倾向于先用中文写,然后再翻译成英文。那么,这种方法在翻译英文SCI的时候,我们需要注意什么?一、表述方...

  • 基因组注释:重复序列repeatmasker, trf

    基因组注释:重复序列repeatmasker, trf

    基因组注释(Genome annotation)是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因和其他结构进行高通量注释。基因组注释主要包括:基因组组成成分分析(重复序列的识别、非编码基因预测、编码基因预测)和基因的功能注释,前者属于结构性注释...

  • 宏基因组分析软件专题(二)

    宏基因组分析软件专题(二)

    聚焦宏基因组拼接、基因注释软件,让选择不再困难。微生物组数据分析思想、步骤及软件和数据库选择指南Hereditas(Beijing)[IF:N/A]① 本文概述了微生物组研究主要分为微生物培养、DNA和mRNA层面,按研究技术主要包括培养组...

  • 宏基因组分析软件专题(一)

    宏基因组分析软件专题(一)

    Nature子刊:宏基因组研究超强综述——从取样到分析Nature Biotechnology[IF:31.864]① 随着测序价格下降、配套软件的发表和更新,宏基因组广泛应用;② 本文概述了宏基因组学的工作流程,总结了实验设计的基本思路,...

  • 9文聚焦:宏基因组学与微生物组分析方法和工具

    9文聚焦:宏基因组学与微生物组分析方法和工具

    宏基因组学能回答什么问题?什么不能?(综述)Annual Review of Microbiology[IF:11]① 鸟枪法宏基因组测序改变了我们检测和表征复杂微生物群落多样性和功能的能力;② 本文介绍了宏基因组学的优点及使用当前可用分析...

  • 16s扩增子测序分析全流程详解

    16s扩增子测序分析全流程详解

    扩增子测序是一种高靶向性方法(对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序),用于分析特定基因组区域中的基因变异。PCR产品(扩增子)的超深度测序可以有效地识别变异并对其进行特征分析。总体思路是靶向地捕获目标区域,然后进行新一代测序(NGS...

    16S 扩增子
  • 细菌绝对定量的方法总结

    细菌绝对定量的方法总结

    细菌绝对定量方法总结背景:目前根据测序得到的微生物的相对含量可以看到微生物的相对变化情况,但是其并不能提供物种丰度变化的程度和方向的信息,忽略了微生物总体变化情况,因此,微生物的绝对定量是非常必要的。这里总结了细菌微生物绝对定量的三种方法,...

  • 浅谈:论微生物绝对定量VS相对定量的优越性

    浅谈:论微生物绝对定量VS相对定量的优越性

    当前常规细菌16S扩增子测序方法能解析样本中的物种组成和其相对丰度信息,因此对微生态研究具有重要的促进作用。然而我们需要注意一点,那就是相对丰度并不能反映样本每种微生物的真实数量和组间样本的真实差异,这是为什么呢?这是因为由于常规细菌16S...

  • Nature:要想真正研究宿主-肠道微生物的相互作用,必须将相对定量变成绝对定量

    Nature:要想真正研究宿主-肠道微生物的相互作用,必须将相对定量变成绝对定量

    英文题目: Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load中文题目:微生物绝对定量分析真正将肠道菌群变化与微生物载量联系起来...

  • Science of the Total Environment:利用高通量绝对丰度定量方法解析土壤细菌群落结构和动态变

    Science of the Total Environment:利用高通量绝对丰度定量方法解析土壤细菌群落结构和动态变

    英文题目: Use of an improved high-throughput absolute abundance quantification method to characterize soil bacterial communi...

  • 转录组Read在基因组分布和饱和度分析

    转录组Read在基因组分布和饱和度分析

    1 介绍一旦reads 被mapped 到参考基因组,他们的位置就可以匹配到基因组上的注释信息。这样,我们可以通过计算基因,转录本或者外显子的reads 数来定量基因的表达。使用被比对到基因组的reads对测序饱和度,不同基因组特征的rea...

    生信 生信软件 数据质控
  • SCLS:微生物所方荣祥/张莉莉团队开发植物内生细菌特异16S引物

    SCLS:微生物所方荣祥/张莉莉团队开发植物内生细菌特异16S引物

    文章开发的方法最大的优势在于:由于直接在引物上做设计,不需要格外添加辅助元件,因此,操作简便,并且能够直接应用于菌群含量的qPCR检测。16S-seq与定量结果相结合,能够揭示更加真实的菌群组成结构。

  • NC:遗传发育所Speakman组-棕色脂肪是无菌小鼠改善血糖的关键

    NC:遗传发育所Speakman组-棕色脂肪是无菌小鼠改善血糖的关键

    解偶联蛋白1(UCP1)是一种在BAT中特异表达的线粒体内膜蛋白质,能增加机体产热,是决定BAT功能的关键因素。但也有研究发现,在长期冷暴露过程中,UCP1蛋白是非必需的,并且越来越多的研究发现了UCP1非依赖性产热途径的存在。

  • Science:病原菌激活植物内生菌群的抑病功能

    Science:病原菌激活植物内生菌群的抑病功能

    这篇文章关注的是抑病型微生物群落的解析,对于抑病型微生物群落的形成也十分重要,那么内生菌群是如何被植物招募并进入根系内部的呢?是否根系分泌物在这个过程中也起着重要作用?相信这将是很有意思的故事。

  • 纳米孔测序 CpG 甲基化检测工具的系统基准测试

    纳米孔测序 CpG 甲基化检测工具的系统基准测试

    DNA 表观修饰在哺乳动物发育、疾病进展和衰老过程中的基因组稳定性和基因调控中发挥着重要作用。在超过 17 种可能的 DNA 修饰中,5mC是最常观察到的与基因调控相关的甲基化。常用的5mC检测方法包括限制酶消化、亲和富集或亚硫酸氢盐转化,...

    Nanopore 文献解读 甲基化