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Linux使用

  • Centos /var/log 日志文件详解及清除方法

    1、/var/log/secure 记录登录系统存取数据的文件(例如:pop3,ssh,telnet,ftp等都会记录在此);2、/ar/log/btmp 记录登录信息记录,被编码过,所以必须以lastb解析;lastb | awk ...

  • Linux 日志文件 /var/log 详解

    Linux 日志文件 /var/log 详解

    Linux 的系统日志记录着系统运行中的记录信息,在服务或者系统发生故障或者被攻击的时候,通过查询系统日志,可以帮助我们诊断定位问题。系统日志可以预警安全问题,系统日志一般都存放在/var/log目录下其中一些只有特定版本采用,如dpkg....

  • Linux中删不掉的文件——隐藏权限(lsattr、chattr命令)

    命令chattrlsattr我的linux系统中有一个普通文件yu@ubuntu:/home/yu$ ls -l test-rwxr-xr-x 1 root root 10346 10月 30 12:08 test现在我想把它删掉了yu@...

  • Linux 系统 /var/log/journal/ 垃圾日志清理

    CentOS系统中有两个日志服务,分别是传统的 rsyslog 和 systemd-journal123456789101112# ls -l /etc/logrotate.d/-rw-r--r-- 1 root root 91 Apr ...

  • Ribo-seq 质控软件:ribosomeProfilingQC

    Ribo-seq 质控软件:ribosomeProfilingQC

    1、介绍 今天来介绍一款对 Ribo-seq 进行质量控制和绘图的 R 包:ribosomeProfilingQC。通过对核糖体保护的片段(ribosome-protected fragments, RPFs)进行高通量测序,然后进行定量,...

  • MeRIP-seq 数据分析之质控、过滤、比对

    MeRIP-seq 数据分析之质控、过滤、比对

    1过滤上节讲到我们已经把数据下载下来了,总共 20 个 fastq 数据:然后正式进入分析阶段。创建分析环境安装好分析需要的软件:# 创建分析环境$ conda create -n m6aseq python=3# 激活环境$ conda ...

    数据质控
  • 质控 + 接头过滤一步走: fastp 软件

    质控 + 接头过滤一步走: fastp 软件

    1前言前面我们使用 fastqc+multiqc+cutadapt 三款软件对数据进行质控检查和接头过滤。还有一款 fastp 软件也使用的比较多,直接质控+自动检查 adapter+过滤 等功能于一体,今天给大家介绍一下。点赞的人还挺多,...

    fastp
  • 每天一个linux命令(43):wget 命令

    每天一个linux命令(43):wget 命令

    Linux系统中的wget是一个下载文件的工具,它用在命令行下。对于Linux用户是必不可少的工具,我们经常要下载一些软件或从远程服务器恢复备份到本地服务器。wget支持HTTP,HTTPS和FTP协议,可以使用HTTP代理。所谓的自动下载...

    Linux Linux命令
  • Linux常用命令集

    Linux常用命令集

    编前语很多人都想学习生物信息学,然而面对浩如烟海的生信知识,是不是有种不知何年何月才学会的无力感呢?小编我就是一名从实验员转行的生物信息工程师,在学习生信的道路上遇到诸多坎坷,现在向各位分享我在生信学习过程的一点经验和体会,与君共勉!此次生...

  • Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS,轻松使用生信软件,效率秒杀虚拟机

    Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS,轻松使用生信软件,效率秒杀虚拟机

    很多优秀的生物信息学软件,如QIIME、QIIME 2、LEfSe等没有Windows版,而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低,而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题,配置和使用详见 - 扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配...

  • tar.xz文件如何解压

    XZ压缩最新压缩率之王xz这个压缩可能很多都很陌生,不过您可知道xz是绝大数Linux默认就带的一个压缩工具。之前xz使用一直很少,所以几乎没有什么提起。我是在下载phpmyadmin的时候看到这种压缩格式的,phpmyadmin压缩包xz...

  • 快速、便捷地获取 phylip 格式文件

    快速、便捷地获取 phylip 格式文件

    phylip 格式如下图所示,第一行的两个数字分别表示序列条数和序列长度(包括 gap,“-”)。不少进化分析相关的软件要求输入是 phylip 格式,之前的文章已经讲解了如何生成一个 MSA 文件的方法:多序列比对。这里提供一个脚本,可迅...

  • 一些常用处理序列的Linux命令行技巧

    如果不会计算机编程,也不会生物信息学的工具,使用Linux系统自带一些工具也可以完成很多重要工作,主要是grep,sed,awk等配合管道来使用。grep案例一:统计fasta文件中序列的条数;grep -c ">"...

  • 在 Windows 中运行 Linux 命令的 4 种方法

    在 Windows 中运行 Linux 命令的 4 种方法

    想要使用 Linux 命令,但又不想离开 Windows ?以下是在 Windows 中运行 Linux bash 命令的几种方法。如果你正在课程中正在学习 shell 脚本,那么需要使用 Linux 命令来练习命令和脚本。你的学校实验室可...

  • Linux 基础及常用命令详解(三)

    Linux 基础及常用命令详解(三)

    写在前面前两期推送的【Linux 基础及常用命令详解(一)】和【Linux 基础及常用命令详解(二)】详细介绍了Linux基本命令以及用户权限管理命令,但古人云“纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行”。所以在这里还是强调一点,一定要多动手操作,多...

  • Linux 基础及常用命令详解(二)

    Linux 基础及常用命令详解(二)

    写在前面上期推送的【Linux 基础及常用命令详解(一)】已经详细介绍了Linux最最基本的命令。如果你多加练习,那么“行走”于Linux系统中将变得轻而易举。简单回顾:Linux同Windows一样都是操作系统,但Linux大多为命令行界...

  • Linux 基础及常用命令详解(一)

    Linux 基础及常用命令详解(一)

    写在前面:由于生物信息学数据处理的文件数据量大(例如基因组、转录组、重测序等数据),所以数据处理一般在Linux系统上进行。Linux和我们常用的Windows一样都是操作系统。只不过Linux以灵活性和高效性著称。这里对于Linux的起源...

  • 【linux】10分钟教会你看懂top

    【linux】10分钟教会你看懂top

    后端们最怕的事情之一就是服务器的负载突然飙升,这可能又意味着一个个夺目Call马上要打过来了。碰到这种情况怎么办,大家第一反应一定是登陆到服务器上,先敲一个top命令看看Load Average吧。今天这篇文章和大家说说怎么看这个“Load...

  • 10个 Linux 命令,让你的操作更有效率

    Linux是最适合开发的操作系统。它是把所有的操作权都交给了用户,有什么操作,就会呈现出什么样的格局。开放、自由、诚实,就是它最大的魅力。而且越来越多的企业开始选择Linux作为服务器,所以对于我们正在学习的小伙伴来说,了解Linux是极为...

  • 小白生信学习记: 转录组基本知识及简单的linux命令入门

    小白生信学习记: 转录组基本知识及简单的linux命令入门

    这是小白来到这个课题组的第一天。 为了让小白更快融入实验室,老师让小白跟着师姐一起完成一个转录组数据的分析。 在听完老师的介绍后,小白有点蒙。什么叫转录组测序?什么是二代测序?他快速记下关键词后,开始了网上搜索。...

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