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编程技巧

  • Pyfastx:一个快速随机读取基因组数据的Python模块

    Pyfastx:一个快速随机读取基因组数据的Python模块

    今天介绍一个 Python 模块:pyfastx,用于快速随机访问基因组序列文件。Pyfastx: a robust python module for fast random access to sequences from plain ...

    python fastq fasta
  • R语言直方图绘制函数——hist

    R语言直方图绘制函数——hist

    直方图介绍1、直方图又称柱状图,或质量分布图,是一种统计报告图,由一系列高度不等的纵条纹或线段表示数据的分布情况。直方图是用来展示连续数据分布的常用工具,用来估计数据的概率分布。2、在R中,hist()函数绘制数据的直方图,其实用格式是:h...

    R语言 R语言绘图
  • R语言绘制分组柱状图示例

    R语言绘制分组柱状图示例

    鉴于ggplot2更易于操作,所以本篇主要阐述ggplot2的方法。已知ggplot2柱状图三种样式:geom_col(position = ‘stack‘)、geom_col(position = ‘fill‘

    R语言 R语言绘图
  • barplot柱状图+散点图+误差棒

    barplot柱状图+散点图+误差棒

    今日绘图代码如下rm(list=ls()) #清除环境op=par(mar=c(5,5,1,1))#设置图离边缘的距离#做一个画柱状图的矩阵data <- c(138302457,33047658) #需要用到的所有数据,用excel...

    R语言 R语言绘图
  • R语言绘图-柱状图barplot

    R语言绘图-柱状图barplot

    R 语言柱状图绘制,采用的方法为barplot,可以帮助我们绘制漂亮的柱状图,其详细的绘图参数注解如下:barplot(VADeaths, col = NULL, #col: 设置条形底纹或者填充颜色。 bor...

    R语言 R语言绘图
  • R包的安装方法(1)

    R包的安装方法(1)

    导 语R实际是通过命令操作软件,命令实际是在调用函数。R包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合,包括R程序,运行该程序的其他语言(比如Java/C/Fortran),解释这个程序功能、方法的帮助文档,例子,测试数据等。只...

    R语言 R包
  • 富集分析的弦图

    富集分析的弦图

    0.需求解读左边是几个GO term,右边是基因。每个term一个颜色,基因的颜色按照logFC渐变。基因与term之间有连线,就是他们之间有从属关系。1.数据和R包准备1library(clusterProfiler)2library(o...

    R语言绘图 富集分析
  • TCGA数据的一致性聚类和可视化

    TCGA数据的一致性聚类和可视化

    1.输入数据目前从网上找到的代码大多是帮助文档的示例数据ALL,是个log过后的表达芯片数据,作者取了mad最大的5000个基因,并且把每个基因的表达量减去了中位数,使数据分布范围在0上下。芯片数据,就照这个样子处理。那RNA-seq数据呢...

    R语言 R语言绘图 TCGA
  • TCGA数据的NMF聚类和可视化

    TCGA数据的NMF聚类和可视化

    0.NMFNMF是非负矩阵分解,也是常用的划分亚组(亚型)的聚类方法之一咯。1.输入数据这里使用的还是KIRC的fpkm数据和临床信息,下载自xena。rm(list=ls())dat = read.table('TCGA-KIRC...

    R语言 R语言绘图 TCGA
  • R语言数据类型及其转换

    R语言数据类型及其转换

    1.数据类型数值型 Numeric 如 100, 0, -4.335双精度型 double整型 integer字符型 Character 如 “China”逻辑型 Logical TRUE, FALSE,NA因子型...

    R语言
  • 一条函数使用三种方法检测群落差异

    一条函数使用三种方法检测群落差异

    R语言 微生物多样性 微生物菌群
  • 最常用的R包整理

    最常用的R包整理

    在实际工作中,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。具体如下:数据导入数据整理数据转换数据建模数据可视化统计推断报告展示自动化分析下面列出每个步骤最有用的一些R包。1. 数据导入以下R包主要用于数据导入和保存数据:feath...

    R语言 R包
  • R语言统计与绘图:绘制饼图

    R语言统计与绘图:绘制饼图

    目 录1. 绘图前准备1.1 加载数据集1.2 自定义图形参数2. 绘制简单饼图3. 自定义饼图参数3.1 修改颜色3.2 添加数据标签4. 绘制3D饼图5. 绘制条形图6. 扇状图7. ggpie()函数绘制饼图8. pie()函数9....

    R语言 R绘图
  • R 语言做微生物组三元图—极简教程

    R 语言做微生物组三元图—极简教程

    R 语言做微生物组三元图—极简教程微生物组三元图用于展示三个分组的微生物的丰度信息,如果OTU靠近某个顶点,就在那个分组中含量高。这里唯一需要学习的就是如何构建phyloseq对象,这里给大家一个例子学习一下:library(phylose...

    三元图
  • 正态分布为什么常见?

    正态分布为什么常见?

    统计学里面,正态分布(normal distribution)最常见。男女身高、寿命、血压、考试成绩、测量误差等等,都属于正态分布。以前,我认为中间状态是事物的常态,过高和过低都属于少数,这导致了正态分布的普遍性。最近,读到了 John D...

  • R语言中的t-test和ANOVA

    R语言中的t-test和ANOVA

    方差分析(analysis ofvariance,简写为ANOVA)是生产和科学研究中分析试验数据的一种有效的统计方法。引起观测值不同(波动)的原因主要有两类:一类是试验过程中随机因素的干扰或观测误差所引起不可控制的的波动;另一类则是由于试...

  • 使用R语言的正确姿势,R包干货奉献

    使用R语言的正确姿势,R包干货奉献

    先思考,后动手,能让你减少很多无谓的功夫,加快完成任务的效率。按照一定的逻辑思路来行事,更是如此,比如按照一定的通用流程在数据科学项目中使用R语言。【在实际工作中,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。具体如下】数据导入数据...

  • 利用openxlsx包输出EXCEL报告

    利用openxlsx包输出EXCEL报告

    目录1.openxlsx包的简介2.openxlsx包的使用介绍 2.1创建Excel文档 2.2数据读取与输出 2.3修改输出格式与数据格式 2.4其它功能介绍3.总结1.openxlsx包的简介openxlsx包是...

  • 16s分析之PCoA分析学习笔记

    16s分析之PCoA分析学习笔记

    今天我们来一起学习一下PCoA分析:PCoA可以使用很多种距离的相异或者相似矩阵;基于关联矩阵,所以它也会有表征其重要性的特征根; ######################################################...

  • CIRCOS圈图绘制 - circos安装

    CIRCOS圈图绘制 - circos安装

    Circos是绘制圈图的神器,在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。Circos可以在线使用,在线使用时是把表格转为圈图,不过只允许最大75行和75列;做一些简单的示意图会比较好,最后时会介绍...