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生物数据库

  • Pfam在线注释以及本地化全攻略

    Pfam在线注释以及本地化全攻略

    Pfam(http://pfam.xfam.org/)是一个被广泛使用的蛋白家族结构域数据库,其依赖于多序列比对和隐马尔可夫模型(HMMs)鉴定一个或多个蛋白质功能结构域。结构域的不同组合方式产生的蛋白质在自然界中各种不同。因此蛋白结构域的...

    数据库
  • NCBI|叶绿体基因组数据上传

    NCBI|叶绿体基因组数据上传

    叶绿体基因组NCBI上传小编最近在NCBI上传了好几次数据...想着可以把具体的上传步骤写下来,供大家参考。以下是叶绿体基因组的上传示例,大家可以瞅瞅 准备工作1. 登录NCBI官网:https://www.ncbi.nlm.nih.go...

    NCBI 数据上传
  • NCBI|宏基因组原始数据上传

    NCBI|宏基因组原始数据上传

    第一步申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进行注册或登录,操作如下:如果你有NCBI账号可以直接登录如果你没有NCBI账号,就进行注册操作你可以选择以下注册平...

    NCBI 数据上传
  • NCBI|16S原始数据上传

    NCBI|16S原始数据上传

    16S原始数据上传NCBI小编这两天为大家演示了宏基因组数据上传的操作,今天为大家演示16S数据上传的操作,供大家参考,而宏基因组和16S数据上传大同小异,最大的不同就是表格的填写,大家要仔细观察哦~01.申请Biosample编号1.首先...

    NCBI 数据上传
  • NCBI|转录组原始数据上传

    NCBI|转录组原始数据上传

    转录组原始数据上传NCBI数据上传NCBI系列又来啦!今天小编来为大家演示的是转录组原始数据上传NCBI哦~01.申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进行注册...

    NCBI 数据上传
  • 生信入门:Fasta与Fastq格式文件详解

    生信入门:Fasta与Fastq格式文件详解

    FASTA 文件格式FASTA格式是一种用于表示核苷酸序列或多肽序列的文本格式。其中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。该格式已成为生物信息学领域的一项标准。FASTA文件各行记录信息如下:第一行是由大于号&qu...

    数据格式
  • 生信入门:如何将测序原始数据上传NCBI

    生信入门:如何将测序原始数据上传NCBI

    身边的小伙伴们经常咨询我如何上传原始数据到NCBI,于是就有了这篇文章。在多数国际期刊上发表学术论文的一个前提条件:提供所涉高通量测序数据的Accession Number。这就需要将测序数据raw reads(fastq文件)上传到某个公...

    数据上传
  • 肠道菌群宏基因组数据库(一)

    肠道菌群宏基因组数据库(一)

    1. GMrepo数据库:2019年8月华中科技大学生命科学与技术学院陈卫华教授在Nucleic Acids Research 发表了一篇文章“GMrepo: a database of curated and consistently a...

    宏基因组
  • 肠道菌群宏基因组数据库( 二)

    肠道菌群宏基因组数据库( 二)

    1. https://www.hmpdacc.org/hmp/ 2007年,美国投入了2亿美元启动了庞大的人类微生物组计划(Human Microbiome Project,HMP)旨在推进更先进的微生物领域的发展,包括更新计算分析工工具,...

    宏基因组
  • 工具篇丨搞肠道微生物菌群的看过来:介绍一个细菌基因分型和源头追踪的一站式数据库

    工具篇丨搞肠道微生物菌群的看过来:介绍一个细菌基因分型和源头追踪的一站式数据库

  • 耐药分析软件resfinder及pointfinder本地化

    耐药分析软件resfinder及pointfinder本地化

    ResFinder的文章最早发表于2012年发表在JAC上(Identification of acquired antimicrobial resistance genes),网址为:https://cge.cbs.dtu.dk/serv...

  • 神器在手耐药基因预测分析不难

    神器在手耐药基因预测分析不难

    前言随着抗生素药物的发现及使用,产生了越来越多的耐药菌株。耐药性会增加疾病治疗的难度和成本,通过对耐药基因的鉴定挖掘,可以帮助我们揭开耐药机制,为疾病治疗、药物研发提供参考。耐药数据库ARDB自2009年起已经不再更新。相比较而言,更新更为...

  • 最新微生物研究数据库及生信工具大全(2021版)值得收藏!

    最新微生物研究数据库及生信工具大全(2021版)值得收藏!

    本期,西大科服为大家带来了最新微生物研究数据库及生信工具大全(2021版),其中包括14个门类、90个网址,9月份最新整合,帮助您避开市面所公布网址散乱、陈旧甚至无效的大坑,亲测有效!让我们一起来盘点一下吧!微生物基因组资源Microbes...

  • 列举一些分析次级代谢物基因簇相关的数据库

    列举一些分析次级代谢物基因簇相关的数据库

    次级代谢物基因簇数据库BAGEL4、antiSMASH、PRISM次级代谢产物,或称天然产物,是由生物体产生的化合物,对于机体的正常生长不是必不可少的。这些次级代谢产物中有许多在医药、农业等领域起着重要的作用。近年来,基因组挖掘方法已被广泛...

  • 介绍挖掘微生物抗性基因的两个常见数据库

    常用的抗性基因数据库有ARDB、AGRO、BacMet、APD3、CARD、ARG-ANNOT等。但由于AGRO只是有抗万古霉素和β-内酰胺两类抗生素的基因信息,BacMet则专注于杀菌剂和金属抗性基因,而APD3则关注抗菌多肽,我们今天主...

  • gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台

    gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台

    gcMeta全球微生物组数据存储和标准分析平台gcMeta: a Global Catalogue of Metagenomics platform to support the archiving, standardization and...

  • 微生物分类学研究利器:模式微生物基因组数据库

    微生物分类学研究利器:模式微生物基因组数据库

    由国家微生物科学数据中心(世界微生物数据中心)建立的模式微生物基因组数据库(gcType)http://gctype.wdcm.org/,是为分类学家进行基因组研究、新种鉴定的一个非常有价值的工具平台。平台不仅集成了目前所有公共来源的模

  • 微生物多样性研究的数据库介绍

    微生物多样性研究的数据库介绍

    在微生物多样性研究中,通过测序获得的原始数据进行质控、去噪/聚类,划分OTUs/ASVs(后面统一称之为Feature),并根据Feature的序列组成得到其物种分类,其中物种注释尤为重要,物种注释结果的的好坏直接影响后续的分析。全长扩增子...

  • JASPAR:转录因子motif数据库

    JASPAR:转录因子motif数据库

    motif是一段重复出现在基因序列上的一段片段,通常具有高度重复的碱基序列,是转录因子或者DNA结合蛋白识别并结合的锚定点,就像之前说的,一个DNA结合蛋白可能对应多个motif,motif也会对应多个蛋白,但是大体上结合的信息,通过现在高...

  • 微生物分类学研究利器:模式微生物基因组数据库

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    由国家微生物科学数据中心(世界微生物数据中心)建立的模式微生物基因组数据库(gcType)http://gctype.wdcm.org/,是为分类学家进行基因组研究、新种鉴定的一个非常有价值的工具平台。平台不仅集成了目前所有公共来源的模