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眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行

密码子图书馆 2021-05-29 19:51:41软件使用
比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的,共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。Mauve是一款非常简便高效的基因组比对工具,可以用它来画基因组共线性图。下面我们就来介绍一下使用方法。 操作步骤安装Geneious安装Mauve插件将

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的,共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。Mauve是一款非常简便高效的基因组比对工具以用它来画基因组共线性图。下面我们就来介绍一下使用方法。


 
操作步骤

安装Geneious
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图1)
安装Mauve插件
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图2)
将基因组导入
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图3)
选中要比对的序列
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图4)
选择比对全基因组
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图5)
默认参数,OK
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图6)
等待程序运行完
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图7)
结果出来了,紫色部位是重排区
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图8)
放大之后的效果,可以看到基因组位点间的线性关系
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图9)
再放大可看到碱基间的线性关系
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图10)
可以将图片导出
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图11)
导出后的效果,可用AI等修改
眼前一亮的基因组共线性图,用mauve就行(图12)
好了,以上就是使用mauve画基因组共线性图的操作如果文章对你有所帮助,请转发给你身边需要的人噢!

文章来源:微信公众号科研日精进