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软件使用

可视化你的测序数据:IGV安装及使用

密码子图书馆 2021-05-29 17:37:20软件使用
Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。如测序Reads与参考基因组序列比对结果,物种参考基因组序列和注释文件,都可使用IGV进行可视化浏览,下面小编就结合转录组和重测序数据进行

Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。如测序Reads与参考基因组序列比对结果,物种参考基因组序列和注释文件,都可使用IGV进行可视化浏览,下面小编就结合转录组和重测序数据进行详细介绍IGV的使用。

下载安装IGV

1. 安装之前,确保系统中已经安装好 Java JDK;正确配置好环境变量

(1)Java JDK下载地址:https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.html

(2)环境变量配置帮助:

https://www.omicsclass.com/article/298

2.下载安装IGV

(1)找到Windows版本,点击下载打开网址:http://software.broadinstitute.org/software/igv/download

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 (2)点击安装,一直下一步即可

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(3)安装完成,会先出现命令界面,再等一下会出现如下界面。

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加载参考基因组

可以先点开上图红色框中的more选项,会出现软件自带的基因组,选择自己的基因组,直接点击下载即可。如果里面没有需要的基因组,可以自己构建基因组信息。下面以水稻基因组为例介绍如何使用:

1.首先点击Genomes选项,选择Create .genome.File。打开之后,按照下图填写对应的信息。注意:原始的fasta文件要经过samtools工具处理建立一个后缀为.fai的文件(方法参考:https://www.omicsclass.com/article/1169),并且这个.fai文件要和.fa文件在同一目录下。

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2.添加完成后界面如图。

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加载GFF注释文件

由于GFF文件很大,需要排序以及建立索引之后才能导入IGV:

1.用igvtools对gff文件进行排序,得到这个文件:点击tools选项中的Run igvtools

2.选择sort命令,输入文件为gff文件,运行之后会生成一个.sorted.gff文件。

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3.对已排序的gff文件建立索引,运行之后会得到一个.idx文件

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4.点击File选项,选择第一个load from file添加已排序的gff文件和索引文件,添加之后,结果如图:

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5.可右击track区选择Expanded更换详细显示模式;软件还可选择基因集对指定基因进行可视化:点击Regions选项,选择Gene List,也可通过My lists 导入自己的基因集 。

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转录组比对bam文件查看

1.对bam文件(什么是bam文件?点击查看:你了解SAM和BAM文件吗)构建索引:选择Tools选项,点击Run igvtools,选择index命令,选择bam文件。

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2.建立完索引后,点击File选项,选择第一个load from file添加bam文件,点击打开。

3.打开之后,可利用标尺显示位置,跳到指定的染色体位置,调节大小,查看具体信息。如果选择的区域过大,会显示zoom in to see coverage。

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4.如果发现存在与参考序列不同的碱基,会用不同的颜色标注出来,同一碱基颜色深浅表示碱基的质量,透明度越高说明检测的碱基质量越低,越不可信。

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5.插入片段用紫色的 I 或红色的 I (当插入的碱基数多余预设的阀值时)表示, 缺失用黑条表示。

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重测序数据可视化

1.注意选择和测序数据一致的基因组,bam文件加载同上转录组方法,结果如下:

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2.重测序变异结果查看:

(1)先用igvtools对vcf文件建立索引:选择Tools选项下的Run igvtools,选择index命令,选择vcf 文件建立索引。

(2)建立索引之后,点击File选项下的load from file 找到 vcf 文件打开,注意索引文件和vcf文件在同一目录下。打开之后:

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更多功能介绍可以查看官方说明:http://www.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide

文章来源:微信公众号组学大讲堂