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生物数据库

NCBI|宏基因组原始数据上传

欢乐豆 2021-10-31 21:47:15生物数据库
第一步申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进行注册或登录,操作如下:如果你有NCBI账号可以直接登录如果你没有NCBI账号,就进行注册操作你可以选择以下注册平台进行注册


第一步申请Biosample编号

1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进行注册或登录,操作如下:


NCBI|宏基因组原始数据上传(图2)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图3)

如果你有NCBI账号可以直接登录

NCBI|宏基因组原始数据上传(图4)

如果你没有NCBI账号,就进行注册操作


NCBI|宏基因组原始数据上传(图5)

你可以选择以下注册平台进行注册

NCBI|宏基因组原始数据上传(图6)


2.注册完成后,就可以进入NCBI页面啦~

NCBI|宏基因组原始数据上传(图7)


3.点击上传模块,开始申请编号操作啦!

NCBI|宏基因组原始数据上传(图8)

点击我的提交

NCBI|宏基因组原始数据上传(图9)

进入Biosample

NCBI|宏基因组原始数据上传(图10)

点击新的提交

NCBI|宏基因组原始数据上传(图11)

4.接下来填写提交者的基本信息(注意不要出现中文哦!)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图12)


5.点击继续按钮,选择释放日期和样本数量

NCBI|宏基因组原始数据上传(图13)


6.选择样品的类型,小编这里以环境样品为例选择


NCBI|宏基因组原始数据上传(图14)


7.填写表格数据,小编以下载Excel表格为例进行操作:


NCBI|宏基因组原始数据上传(图15)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图16)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图17)

这里要注意,绿色为必填项,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。蓝色为选填项,但至少填写一个,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。黄色为非填项,可以不予填写。

NCBI|宏基因组原始数据上传(图18)

8.当表格填写完成后,就可以把表格进行上传啦~

NCBI|宏基因组原始数据上传(图19)

如果你在上传表格后出现以下错误,就说明你的样本编号错了,解决方法一可以把样品编号加上大写的字母


NCBI|宏基因组原始数据上传(图20)

解决方法二在表格最后一列添加如下问题:


NCBI|宏基因组原始数据上传(图21)



9.问题解决完成后点击继续,检查一下信息是否正确,就可以进行提交,我们的第一步也算完成啦~


NCBI|宏基因组原始数据上传(图22)

第二步申请BioProject编号

1.回到最初的提交页面

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图24)

2.进入BioProject,开始我们的第二步

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图25)

    点击新的提交

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图26)

    填写提交者基本信息,与之前填写的信息要一致(注意不能出现中文哦!)

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图27)

3.选择项目类型,一般是选择原始序列读取

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图28)

    选择样本的示例范围

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图29)

    

4.填写样本的目标

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图30)

5.填写释放日期和样本的公开说明

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图31)

6.填写BioSample编号

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图32)

    进入Biosample

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图33)

    点击申请编号对象

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图34)复制第一个编号NCBI|宏基因组原始数据上传(图35)

    回到页面,粘贴复制的编号

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图36)

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图37)

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图38)

7.编号填写完成后,点击继续到最后,检查信息是否填写正确后就可以提交啦!这样我们的第二步也完成啦~

    NCBI|宏基因组原始数据上传(图39)


第三步申请SRA编号并上传原始数据

1.回到最初的提交页面

    

NCBI|宏基因组原始数据上传(图41)


2.进入SRA,开始申请SRA编号

NCBI|宏基因组原始数据上传(图42)


点击新的提交

NCBI|宏基因组原始数据上传(图43)


填写提交者信息与之前填写信息一致(注意不能出现中文哦!)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图44)


填写BioProject编号,回到提交页面

NCBI|宏基因组原始数据上传(图45)


进入BioProject查看编号

NCBI|宏基因组原始数据上传(图46)


复制编号后回到提交页面

NCBI|宏基因组原始数据上传(图47)


进入SRA未完成的位置

NCBI|宏基因组原始数据上传(图48)


将编号填写进去并选择释放日期,需与之前填写的释放日期一致

NCBI|宏基因组原始数据上传(图49)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图50)


3.编号填写和释放日期选择完成后,点击继续,进行填写表格操作,小编依旧以下载的Excel表格为例进行操作。

NCBI|宏基因组原始数据上传(图51)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图52)

打开下载后的表格进行填写

NCBI|宏基因组原始数据上传(图53)


第一列填写BioSample编号

NCBI|宏基因组原始数据上传(图54)


回到NCBI网页,返回至提交页面

NCBI|宏基因组原始数据上传(图55)

进入Biosample查看编号

NCBI|宏基因组原始数据上传(图56)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图57)

将查看的编号填写进表格第一列就行了


表格第二列可自行填写

NCBI|宏基因组原始数据上传(图58)

表格第三列填写测序类型+某物种

NCBI|宏基因组原始数据上传(图59)

表格后面小编以宏基因组为例进行填写,表格第四列填写测序技术

NCBI|宏基因组原始数据上传(图60)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图61)

表格第五列填写组学

NCBI|宏基因组原始数据上传(图62)

表格第六列填写选择

NCBI|宏基因组原始数据上传(图63)

表格第七列填写样品数量

NCBI|宏基因组原始数据上传(图64)

表格第八列填写测序平台,这里小编以illumina平台为例

NCBI|宏基因组原始数据上传(图65)

表格第九列填写

NCBI|宏基因组原始数据上传(图66)

表格第十列填写样本说明

NCBI|宏基因组原始数据上传(图67)


表格第十一列填写原始数据文件类型

NCBI|宏基因组原始数据上传(图68)


表格第十二和十三列填写原始数据的文件名称

NCBI|宏基因组原始数据上传(图69)



到这里表格就填写完成了,保存表格并上传

NCBI|宏基因组原始数据上传(图70)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图71)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图72)

NCBI|宏基因组原始数据上传(图73)

4.将原始数据上传到NCBI上

NCBI|宏基因组原始数据上传(图74)

5.将原始数据上传完成后就可以点击提交

NCBI|宏基因组原始数据上传(图75)

提交完成后可以回到提交页面查看提交状态哦~

NCBI|宏基因组原始数据上传(图76)


提交成功后等待1-2天时间会收到数据上传成功的邮件,至此我们的宏基因组原始数据上传就完成啦!

文章来源:作图帮