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NCBI|16S原始数据上传

欢乐豆 2021-10-31 21:41:41生物数据库
16S原始数据上传NCBI小编这两天为大家演示了宏基因组数据上传的操作,今天为大家演示16S数据上传的操作,供大家参考,而宏基因组和16S数据上传大同小异,最大的不同就是表格的填写,大家要仔细观察哦~01.申请Biosample编号1.首先我们需要进

16S原始数据上传NCBI

小编这两天为大家演示了宏基因组数据上传的操作,今天为大家演示16S数据上传的操作,供大家参考,而宏基因组和16S数据上传大同小异,最大的不同就是表格的填写,大家要仔细观察哦~

01.申请Biosample编号

1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进行注册或登录,操作如下:

NCBI|16S原始数据上传(图1)

NCBI|16S原始数据上传(图2)


如果你有NCBI账号可以直接登录

NCBI|16S原始数据上传(图3)

如果你没有NCBI账号,就进行注册操作

NCBI|16S原始数据上传(图4)


你可以选择以下注册平台进行注册

NCBI|16S原始数据上传(图5)

注册完成后,就可以进入NCBI页面啦~

NCBI|16S原始数据上传(图6)


2.点击上传模块,开始申请编号操作啦!

NCBI|16S原始数据上传(图7)


点击我的提交

NCBI|16S原始数据上传(图8)


进入Biosample

NCBI|16S原始数据上传(图9)


点击新的提交

NCBI|16S原始数据上传(图10)


3.接下来填写提交者的基本信息

NCBI|16S原始数据上传(图11)


4.点击继续,进入下一步选择释放日期和样本数量

NCBI|16S原始数据上传(图12)


5.选择样品的类型,小编这里以环境样品为例选择

NCBI|16S原始数据上传(图13)

7.填写表格数据,小编以下载Excel表格为例进行操作:

NCBI|16S原始数据上传(图14)


NCBI|16S原始数据上传(图15)

这里注意一下,绿色为必填项,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。蓝色为选填项,但至少填写一个,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。黄色为非填项,可以不予填写。

NCBI|16S原始数据上传(图16)

8.当表格填写完成后,就可以把表格进行上传啦~

NCBI|16S原始数据上传(图17)


如果你在上传表格后出现以下错误,就说明你的样本编号错了,

解决方法一可以把样品编号加上大写的字母

NCBI|16S原始数据上传(图18)

解决方法二在表格最后一列添加如下问题:

NCBI|16S原始数据上传(图19)

9.问题解决完成后点击继续,检查一下信息是否正确,就可以进行提交,我们的第一步也算完成啦~

NCBI|16S原始数据上传(图20)


    02.申请BioProject编号

1.回到最初的提交页面

NCBI|16S原始数据上传(图21)


2.点击BioProject按钮,开始我们的第二步

NCBI|16S原始数据上传(图22)


    点击新的提交


NCBI|16S原始数据上传(图23)


    填写提交者基本信息,与申请BioSample编号信息填写要一致


NCBI|16S原始数据上传(图24)


3.选择项目类型,一般是选择原始序列读取

NCBI|16S原始数据上传(图25)

  选择样本的示例范围


NCBI|16S原始数据上传(图26)


4.填写样本的目标

NCBI|16S原始数据上传(图27)

5.填写释放日期和样本的公开说明

NCBI|16S原始数据上传(图28)

6.填写BioSample编号

NCBI|16S原始数据上传(图29)

进入Biosample




NCBI|16S原始数据上传(图30)




点击申请编号对象





NCBI|16S原始数据上传(图31)

复制第一个编号

NCBI|16S原始数据上传(图32)

回到页面,填写上复制的编号

NCBI|16S原始数据上传(图33)

NCBI|16S原始数据上传(图34)

NCBI|16S原始数据上传(图35)

7.编号填写完成后,点击继续到最后,检查信息是否填写正确后就可以提交啦!这样我们的第二步也完成啦~

NCBI|16S原始数据上传(图36)


   03.申请SRA编号和数据上传

1.回到最初的提交页面

NCBI|16S原始数据上传(图37)


2.开始申请SRA编号,操作如下:进入SRA

NCBI|16S原始数据上传(图38)

点击新的提交

NCBI|16S原始数据上传(图39)

填写提交者信息与之前填写信息一致

NCBI|16S原始数据上传(图40)


填写BioProject编号,回到提交页面

NCBI|16S原始数据上传(图41)


进入BioProject查看编号

NCBI|16S原始数据上传(图42)


复制编号后回到提交页面

NCBI|16S原始数据上传(图43)

进入SRA未完成的位置

NCBI|16S原始数据上传(图44)

将编号填写进去并选择释放日期,需与之前填写的释放日期一致

NCBI|16S原始数据上传(图45)

NCBI|16S原始数据上传(图46)

3.编号填写和释放日期选择完成后,点击继续,进行填写表格操作,小编依旧以下载的Excel表格为例进行操作。

NCBI|16S原始数据上传(图47)

NCBI|16S原始数据上传(图48)

打开下载后的表格进行填写

NCBI|16S原始数据上传(图49)


第一列填写BioSample编号

NCBI|16S原始数据上传(图50)

回到NCBI网页,返回至提交页面

NCBI|16S原始数据上传(图51)

进入Biosample查看编号

NCBI|16S原始数据上传(图52)

将下列图中的编号填写进表格第一列

NCBI|16S原始数据上传(图53)

表格第二列可自行填写

NCBI|16S原始数据上传(图54)

表格第三列填写测序类型+某物种

NCBI|16S原始数据上传(图55)

表格后面小编以16S为例进行填写,表格第四列填写测序技术

NCBI|16S原始数据上传(图56)


表格第五列填写组学

NCBI|16S原始数据上传(图57)

表格第六列填写选择

NCBI|16S原始数据上传(图58)

表格第七列填写样本数量

NCBI|16S原始数据上传(图59)

表格第八列填写测序平台

NCBI|16S原始数据上传(图60)

表格第九列

NCBI|16S原始数据上传(图61)

表格第十列填写样本说明

NCBI|16S原始数据上传(图62)

表格第十一列填写原始数据的文件类型

NCBI|16S原始数据上传(图63)

表格第十二和十三列填写原始数据文件名

NCBI|16S原始数据上传(图64)

到这里表格就填写完成了,保存表格并上传

NCBI|16S原始数据上传(图65)

NCBI|16S原始数据上传(图66)

NCBI|16S原始数据上传(图67)

NCBI|16S原始数据上传(图68)

4.将原始数据上传到NCBI上

NCBI|16S原始数据上传(图69)

5.将原始数据上传完成后就可以点击提交

NCBI|16S原始数据上传(图70)

提交完成后可以回到提交页面查看提交状态哦~

NCBI|16S原始数据上传(图71)

提交成功后等待1-2天时间会收到数据上传成功的邮件,至此我们的16S原始数据上传就完成啦!


文章来源:作图帮