登录  注册 退出

密码子图书馆

扫盲知识库

  • 微生物组学的过去、现在和未来

    微生物组学的过去、现在和未来

    导读在过去十年中,核酸测序和质谱技术的进步使得能够更快速,更有信息地进行宏基因组,转录组,蛋白质组学和代谢组学的分析。在这里,我们回顾了多环境和人类微生物多组学分析的关键,讨论了为了解决当前缺陷未来的一些潜在的发展方向。前言微生物在大约35...

  • 扩增子、宏基因组测序常见问题

    微生物,是地球上最古老的生命形式之一,它们虽然微小,却无处不在。随着高通量测序技术的发展,测序成本逐步降低,测序通量飞速提高,如今我们可以用更低的成本,对微生物进行更深入和更广泛的研究。在微生物群落多样性研究中,目前主要的技术包括扩增子测序...

  • 转录因子与靶基因预测

    转录因子与靶基因预测

    写在前面:认识转录因子及其结合位点1、认识转录因子概念 转录因子(Transcription factor, TF):是一类序列特异性DNA结合蛋白,能够结合在靶基因上游的转录因子结合位点序列(Transcription factor bi...

  • 扩增子图表解读5火山图:差异OTU数量及变化规律

    扩增子图表解读5火山图:差异OTU数量及变化规律

    背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括:微生物培养组学、16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组和宏代谢组,其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增...

  • Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图

    Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图

    封面来源于:Pixabay+易生信续昨天的文章,在火山图标记基因名字BIC无代码绘制差异基因火山图什么是倾斜45度的火山图?火山图是散点图的一种,它将统计测试中的统计显著性量度(如p value)和变化幅度相结合,从而能够帮助快速直观地识别...

    微生态结果解读
  • 这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!

    这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!

    了解了基本概念 方差分析中的“元”和“因素”是什么? 下面我们看下PERMANOVA。PERMANOVA是多元方差分析的非参数变体。它用来比较多组观测样本的统计指标值的异同。它利用距离矩阵(如欧式距离、Bray-Curtis距离)对总方差进...

  • 方差分析中的“元”和“因素”是什么?

    方差分析中的“元”和“因素”是什么?

    试验中要考察的指标称为试验指标,影响试验指标的条件称为因素,因素所处的状态称为水平 (通常用于3个或更多水平时;如果只有2个水平考虑T-test);若试验中只有一个因素改变则称为单因素试验,若有两个因素改变则称为双因素试验,若有多个因素改变...

    微生态结果解读
  • Adonis结果P值小于0.05,一定代表两组样品物种构成差异显著吗?

    Adonis结果P值小于0.05,一定代表两组样品物种构成差异显著吗?

    前情回顾方差分析基本概念:方差分析中的“元”和“因素”是什么?PERMANOVA原理解释:这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!实战1:画一个带统计检验的PCoA分析结果配对检验:画一个带统计检验的PcOA分析结果 (...

    微生态结果解读
  • 蛋白相对定量技术介绍--iTRAQ及TMT

    蛋白相对定量技术介绍--iTRAQ及TMT

    蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。运用蛋白质组学技术可以大规模研究蛋白质的特征,包括蛋白质的表达水平,翻译后的修饰,蛋白与蛋白相互作用等,由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生,细胞代谢等过程...

  • 蛋白相对定量技术介绍

    蛋白相对定量技术介绍

    在蛋白质组学研究领域,基于液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)技术可在生物样本中检测和相对定量上千个蛋白,目前已被广泛应用,并且发展出了标记定量(iTRAQ/TMT、SILAC)和非标记定量(Label free)两种主流方法,这些方法都...

  • 微生物多样性的FAQ

    微生物多样性的FAQ

    1. 不同批次测序的数据可以合并吗?有没有什么关卡?回复:这个需要具体情况具体分析:如果不同批次测序数据的测序区域、扩增引物、扩增参数、测序仪器和测序模式都是一致的,那么可以合并起来做分析;否则,由于前述实验参数的不一致,会给不同批次测序数...

  • 微生物基因组研究

    微生物基因组研究

    微生物往往被视为“无处不在,无所不为”的生物,制作重组基因的载体和表达重组基因的受体也需要微生物。20世纪90年代后期开始了微生物基因组的研究。这项研究是从对微生物完整的全基因核苷酸测序入手,在分析基因结构的基础上,认识微生物的完整生物学功...

  • 陆地生态系统中的微生物入侵

    陆地生态系统中的微生物入侵

    导读人类旅行和全球贸易极大地增加了新区域内入侵性微生物的传播。实验和观察性研究开始揭示微生物入侵陆地生态系统的过程,它们的生态影响以及其对生态系统功能的影响。作者列举微生物入侵陆地的实例,包括细菌、真菌、卵菌、以及其他原生生物和病毒,并讨论...

  • CRISPR的那些事

    CRISPR的那些事

    CRISPR:规律成簇的短回文重复,是大多细菌的一种免疫防御机制CRISPR/Cas:强大的基因编辑工具,可识别外源DNA,将其剪断。沉默外源基因的表达介绍目录1.概念2.结构3.作用机制(1).Adaptation1).外源 DNA 采集...

  • 【收藏|技术贴】CRISPR简述

    【收藏|技术贴】CRISPR简述

    历史发展目前已有的基因编辑技术(1)锌指核酸内切酶(zinc finger endonuclease,ZFN):是第一代人工核酸内切酶锌指是一类能够结合DNA的蛋白质,人类细胞的转录因子中大约有一半含有锌指结构,ZFN 是将锌指蛋白与核酸内...

  • 免费生物信息学在线分析软件汇总(下篇)

    免费生物信息学在线分析软件汇总(下篇)

    继上期软文病毒基因组分析的免费生信工具(上篇)分享,这一期小编为你推荐另一波免费的生物信息学分析软件。String 蛋白互作网络String是一个已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种...

  • 病毒基因组分析的免费生信工具

    病毒基因组分析的免费生信工具

    继上期软文(生物信息学常用分析软件)分享,这一期小编为你推荐一些可用于病毒基因组分析的生信工具。下面所介绍的分析工具都可在相应网站上免费获取使用哟!大家还可浏览欧洲病毒生物信息中心EVBC官网 获得更多信息:http://evbc.uni-...

  • 三种病毒基因组测序方法比较研究

    三种病毒基因组测序方法比较研究

    病毒在传播过程中很有可能会发生变异,因而对其变异的监测变得尤为重要。在新冠病毒蔓延的情况下,如何在病毒检测中,既能提高检测灵敏度,又能获得完整的病毒全基因组序列以用于后续变异监测和研究,同时兼顾经济高效的方法成为许多检测机构都亟需解决的问题...

  • 为何病毒检测要基因分型?

    为何病毒检测要基因分型?

    自林奈后,生物学分类上,通常是根据生物的表型,包括形态和生化特征来进行物种分类鉴定以及命名。这种分类自界门纲目科属种,很难再精确鉴别,或者命名为亚种(Subspecies)、变种(Variant)、变型(Form)。这样的分类有一定的依据,...

  • 「小测试」丙型肝炎病毒的检测与基因分型知多少?

    医脉通导读丙型肝炎病毒(HCV)是引起丙型肝炎的病原体。HCV感染是一个世界性的健康问题,其发病率逐年增高,且致病性强,较易转为墁性,甚至发展成肝硬化和肝细胞癌。进一步深入HCV生物学特性,尤其是基因分型的研究,对于丙型肝炎严重程度的评估、...