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FAQ锦集

  • 扩增子、宏基因组测序常见问题

    微生物,是地球上最古老的生命形式之一,它们虽然微小,却无处不在。随着高通量测序技术的发展,测序成本逐步降低,测序通量飞速提高,如今我们可以用更低的成本,对微生物进行更深入和更广泛的研究。在微生物群落多样性研究中,目前主要的技术包括扩增子测序...

  • 扩增子图表解读5火山图:差异OTU数量及变化规律

    扩增子图表解读5火山图:差异OTU数量及变化规律

    背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括:微生物培养组学、16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组和宏代谢组,其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增...

  • Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图

    Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图

    封面来源于:Pixabay+易生信续昨天的文章,在火山图标记基因名字BIC无代码绘制差异基因火山图什么是倾斜45度的火山图?火山图是散点图的一种,它将统计测试中的统计显著性量度(如p value)和变化幅度相结合,从而能够帮助快速直观地识别...

    微生态结果解读
  • 这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!

    这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!

    了解了基本概念 方差分析中的“元”和“因素”是什么? 下面我们看下PERMANOVA。PERMANOVA是多元方差分析的非参数变体。它用来比较多组观测样本的统计指标值的异同。它利用距离矩阵(如欧式距离、Bray-Curtis距离)对总方差进...

  • 方差分析中的“元”和“因素”是什么?

    方差分析中的“元”和“因素”是什么?

    试验中要考察的指标称为试验指标,影响试验指标的条件称为因素,因素所处的状态称为水平 (通常用于3个或更多水平时;如果只有2个水平考虑T-test);若试验中只有一个因素改变则称为单因素试验,若有两个因素改变则称为双因素试验,若有多个因素改变...

    微生态结果解读
  • Adonis结果P值小于0.05,一定代表两组样品物种构成差异显著吗?

    Adonis结果P值小于0.05,一定代表两组样品物种构成差异显著吗?

    前情回顾方差分析基本概念:方差分析中的“元”和“因素”是什么?PERMANOVA原理解释:这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!实战1:画一个带统计检验的PCoA分析结果配对检验:画一个带统计检验的PcOA分析结果 (...

    微生态结果解读
  • 微生物多样性的FAQ

    微生物多样性的FAQ

    1. 不同批次测序的数据可以合并吗?有没有什么关卡?回复:这个需要具体情况具体分析:如果不同批次测序数据的测序区域、扩增引物、扩增参数、测序仪器和测序模式都是一致的,那么可以合并起来做分析;否则,由于前述实验参数的不一致,会给不同批次测序数...

  • 三种病毒基因组测序方法比较研究

    三种病毒基因组测序方法比较研究

    病毒在传播过程中很有可能会发生变异,因而对其变异的监测变得尤为重要。在新冠病毒蔓延的情况下,如何在病毒检测中,既能提高检测灵敏度,又能获得完整的病毒全基因组序列以用于后续变异监测和研究,同时兼顾经济高效的方法成为许多检测机构都亟需解决的问题...

  • 为何病毒检测要基因分型?

    为何病毒检测要基因分型?

    自林奈后,生物学分类上,通常是根据生物的表型,包括形态和生化特征来进行物种分类鉴定以及命名。这种分类自界门纲目科属种,很难再精确鉴别,或者命名为亚种(Subspecies)、变种(Variant)、变型(Form)。这样的分类有一定的依据,...

  • 内参基因如何选择?

    内参基因如何选择?

    做过高通量测序的小伙伴都会遇到荧光定量PCR验证工作,初次接触的话,挑选内参基因有时是个让人头疼的事,今天小编就和大家聊一聊内参基因选择的那些事!假如您有QPCR验证实验需求,可以联系我们,我们会为您提供专业快捷质优价廉的实验服务!详询微信...

    qPCR
  • 如何下载基因组及查找基因?

    如何下载基因组及查找基因?

    如今大量物种参考基因组数据已被公布,对于科研工作者,可以说是一笔巨大“财富”。那么该如何获取这笔“财富”呢?本期微信将介绍几个相关的数据库,并举例演示如何查找和下载到想要的参考基因组及参考基因组得注释信息。查找参考基因组的常用数据库1.En...

  • Pacbio文库如何加上barcode

    Pacbio文库如何加上barcode

    Pacbio文库如何加上barcode随着测序通量不断的增加,将文库加上不同的barcode就显得越来越必要。下面,我们来介绍三种加barcode的方法,供大家参考。barcode的类型1.PCR Primers with Symmetri...

  • 质粒的提取原理

    质粒的提取原理

    一、质粒提取原理质粒是细胞内的一种环状的小分子DNA,是进行DNA重组的常用载体。作为一个具有自身复制起点的复制单位独立于细胞的主染色体之外,质粒DNA上携带了部分的基因信息,经过基因表达后使其宿主细胞表现相应的性状。在DNA重组中,质粒或...

    质粒 细菌基因组
  • 质粒基本概念

    质粒基本概念

    质粒是细胞内的一种环状的小分子DNA,是进行DNA重组的常用载体。在分子生物学实验中,通常将目的基因插入到质粒的多克隆位点上,构建新的重组质粒,目的基因可以随质粒载体进入到受体细胞中。获得高品质的质粒对下游实验起到非常重要的作用。质粒提取主...

    质粒 细菌基因组
  • FAQ 锦集 | 微生物测序知识盘点

    今天小编给大家推荐几篇锦囊集,主要是微生物高通量测序领域,代谢组学,扩增子测序等方面,希望对大家的科研有所帮助。1 高通量测序领域常用名词解释链接地址:① http://lib.mimazi.net/beginner/203.html 2...

  • 肠道菌群科研专题

    今天给大家推荐几篇关于研究肠道菌群的经典文章,方便大家了解肠道菌群的研究思路及研究方法,更加快速开展自己课题的研究。1Nature首次描述节食对人类肠道菌群的影响——毒素是减重关键链接地址:① http://lib.mimazi.net/n...

    肠道菌群科研专题
  • 代谢组学及多组学联合分析专题

    今天给大家推荐几篇比较经典的文章解读,让大家了解代谢组学、在文章中的定位以及如何分析处理代谢组学的数据。1代谢组结合微生物多样性揭示肠道微生物影响慢阻肺疾病的分子机制链接地址:① http://lib.mimazi.net/program/...

    代谢组学及多组学联合分析专题
  • 比较基因组专题

    今天给大家推荐一些比较基因组的文章,主要涉及OrthoFinder、OrthoVenn2 、JCVI 、mauve等软件的教程及脚本使用,以及在微生物领域中的应用。1同源基因分析软件的OrthoFinder链接地址:① http://lib...

    比较基因组专题
  • 丛枝菌根真菌种类有哪些?

    丛枝菌根真菌种类摩西球囊霉(Glomus mosseae)地表球囊菌(Glomus uersiforme)根内球囊霉(Glomus intradices)幼套球囊霉(Glomus etunicatum )梗囊霉属(Acaulospo...

  • Sanger测序ab1和seq文件怎么进一步处理?

    Sanger测序ab1和seq文件怎么进一步处理?

    QS和CRL是什么鬼?“.ab1”和“.seq”文件谁才是真正的王者?嫉妒别人完美测序结果的柠檬精是不是只有我一个?何必因为不会分析Sanger测序结果而烦恼?今天,我们来为大家介绍一下几种常见的测序结果特点及解决方案。首先,我们来了解几个...